围棋近代史应从日本的明治维新开始，1862年“御城棋”制度终止，同年棋圣秀策因病早逝。而明治维新又废除了“棋所”制度，从此“名人棋所”沦为历史，棋手也失去幕府支持，生活骤然贫困起来。因此，日本棋手们不得不开始寻求新的谋生手段。
1879年本因坊十八世村濑秀甫联合本因坊十二世丈和的第三子中川龟三郎以及东京棋士，结成了日本第一围棋团体方圆社，致力于围棋的复兴。方圆社的成立代表着日本围棋的统治者由四家（本因坊、井上、安井、林）转变为自由开放的围棋组织。
另一方面，去林家当养子的秀和之子本轩坊十七世秀荣目睹本因坊门的困境，便再次继承本轩坊名号，与方圆社对峙，日本围棋迎来第二春。黄遵宪在《日本国志》中曾记述了当时日本围棋普及的情况，“围棋最多高手，豪富子弟风雅士夫无不习之者，良朋夜宴酒酣兴豪则楸枰罗列矣。”
而当时的中国正经历着鸦片战争的折磨，衰败的国家面貌让围棋这种偏向于精神层次的情感需求不断颓败。此消彼长，日本围棋不断发展，直至20世纪初时，高部道平六段来华大杀四方，标志着日本围棋正式赶超中国。
道策
其后日本围棋组织开始喷涌而出，如裨圣会、中央棋院、六华会等。1923年以前，日本围棋界并存着本因坊秀哉领导的中央棋院、裨圣会和方圆社等三派势力，三方各行其是，谁也不服谁，看上去统一局面永无指望了。却不料就在这一年（1923）九月一日，晴空霹雳，关东发生了前所未有的大地震，东京几乎整个毁了，秀哉名人煞费苦心建立的中央棋院，被大火夷为平地。
受此打击，秀哉欲哭无泪，多亏门下小岸壮二等得意弟子竭力扶佐，才得残喘。裨圣会受到的打击，也不在中央棋院之下，会馆皆成灰烬，财产损失精光，只得暂栖濑越六段家中，惨淡经营。对方圆社来说，震灾却是不幸中之大幸。原来方圆社经营不力，搬出“凡之内”大楼只是早晚问题，这突发的灾祸正是体面搬出的绝好机会，不但可免除一切义务，而且不必再偿还租金，省下了许多钱财。是故，只有方圆社得以在震后的大混乱中，悠悠然图谋再举。
所幸这段黑暗的时期，为时尚短，半年之后，终于出了一位救苦救难的“菩萨”，独立承担，捐出十万块钱成立了“日本棋院”，此人就是有名的财阀大仓喜七郎男爵。从此之后，棋界大同团结，围棋在日本重开新阶段，更加欣欣向荣。日本棋院还就比赛制度、时间限制、段级的授予、普及教授、创办比赛、棋书杂志出版、棋士之培养、在妇女中推广、棋院增设诸设备、于各地设置支部等十大问题，作了详细规定。
日本棋院的成立，标志着世家垄断棋坛时代的结束，是日本围棋史上具有划时代意义的事件。
现代日本棋院
日本棋院成立后，最强的棋手即将到来，1928年年仅14岁的吴清源东渡日本，1933年与“名人”本因坊秀哉下让两字局，最终吴清源胜了。
而后的吴清源一发不可收拾，1939年到1956年，被称为“吴清源时代”。二战初期，在日军铁蹄横扫中国和东亚大陆的同时，棋士吴清源在日本本土上孤军奋战，仅凭个人之力，在震古铄今、空前绝后的十次十番棋中，战胜了全日本最顶尖的七位超级棋士，并把所有的对手打到降级，迫使败者改变交手身份以表示弱者不具备和强者公平竞争的能力——吴清源成为当之无愧的棋坛第一人，被誉为“昭和棋圣”。虽然吴清源加入了日本国籍，但日本人始终认为他是中国人。
吴清源
木谷实
1937年秀哉名人引退，把本轩坊名号转让给《每日新闻》社，《每日新闻》社又决定捐助日本棋院，设立由全体棋手参加以实力争夺本因坊称号的冠军赛。这就是现在每年一度的“本因坊战”。随着围棋事业的蓬勃发展，每年一届的本轩坊战已远远不能满足棋手们的夺魁欲望。在这种形势下，为选拔空位已久的“名人”，1962年《读卖新闻》社举办了首届由职业棋手参加的“名人战”。这是与本因坊同等级的冠军赛。其它职业棋手赛还有《产经新闻》社主办、1963年开始的“十段战”和新闻三社联合主办、1975年创设的“天元战”。1977年《读卖新闻》社又创立了奖金规格最高、荟萃群星的“棋圣战”。再加五十年代开始的“王座战”，1976年开始的“碁圣战”（为区别于“棋圣”，中国一般称其为小棋圣），合称为日本七大头衔。
日本各个头衔排序
日本围棋史可谓是世界围棋史上浓重的一笔，期间诞生了无数棋道大家，如：道策、丈和、秀策、秀荣、吴清源、坂本荣男、木谷实、林海峰、石田方夫、大竹英雄、加藤正夫、赵治勋、小林光一、武宫正树等。期间也创造了无数定式，更有最复杂的三大定式：大雪崩定式、大斜定式、村正妖刀定式，现在仍为棋手们所钦佩。而日本所产生的各个流派如：宇宙流、治勋流、加藤流、秀策流等虽已不再适合现代，但仍有极高的历史意义。
目前，由于人才断档，近年来从各个渠道的消息来看，日本学棋以及进入职业棋坛的人数变少，后备力量不足。以及职业棋手训练量不足，如中韩年轻棋手参与网战的频率远高于日本棋手。还有一些次要的原因，日本围棋已经渐渐的被中韩围棋拉开了距离。
或许现在日本棋坛已经“日”暮西山，但我们还是希望未来的日本能再出几位诸如道策、秀策、木谷实的人物。因为中国棋坛少了一个强力对手是何等的寂寞……
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